مجلس كنائس مصر هيئة كنسية وطنية ، ولا تعمل فى السياسة ، ولا تتدخل فيها وتتكون من الكنيسة القبطية الأرثوذكسية  والكنائس الأرثوكسية الشقيقة فى مصر، و الطائفة الإنجيلية (الكنائس الإنجيلية) ، والكنيسة الكاثوليكية ، وكنيسة الإسكندرية للروم الأرثوذكس ، والكنيسة الأسقفية ، وهى كنائس مستقلة فى ذاتها وفى نظامها وعقائدها . ويعمل المجلس على حياة الشركة والتعاون بين الكنائس الأعضاء بكل مذاهبها فى مصر، والسعى نحو وحدتها